Swoją podstawową działalność, jako niezależny przewoźnik kolejowy, Kolej Bałtycka rozpoczęła w 2004 roku, a dokładnie 27 lutego 2004 roku. W tym właśnie dniu wydana została licencja Nr ….. Początki działalności przewozowej to pociągi prowadzone lokomotywą spalinową CLASS 66, która stanowiła na polskich szlakach kolejowych ewenement. Zarówno dlatego, że była to wówczas najnowocześniejsza lokomotywa spalinowa na polskich torach, jak również dlatego, że prowadziła pociągi jednego z pierwszych w Polsce prywatnych przewoźników kolejowych.

Pierwsze pociągi przewoziły z Niemiec, przez kolejową stację graniczną Szczecin Gumieńce, do polskich składów paliw olej napędowy oraz etyliny

Od roku 2007 rozpoczęła się rozszerzona współpraca w zakresie przewozów trans granicznych. Do przewozu paliw zostały dołączone kruszywa oraz produkty chemiczne.

Kryzys lat 2008, 2009 dotknął wiele sektorów gospodarki. Również zmiany na polskim rynku przewozów kolejowych rzeczy – wzrost liczby i potencjału niezależnych przewoźników kolejowych wymusił zmiany w profilu działań Spółki Kolej Bałtycka S.A.